Школа «Наганума» была создана в 1948 году. Через год организация получила статус образовательного учреждения и была одобрена мэрией Токио. В числе первых студентов школы были миссионеры и работники посольств.

Гордостью школы стал учебник для иностранцев «The Standard Japanese Readers» (7 уровней, 1931-1934), автором которого является основатель школы Наое Наганума. Этот учебник использовали во многих образовательных учреждениях в Европе и Америке, и благодаря этому имя школы «Наганума» стало известно во всем мире.

Пик развития школы пришёлся на 90-е годы. Тогда в школе было построено несколько современных учебных корпусов. Школа начала активную деятельность на международном уровне: обеспечивала учебными материалами и программами обучения японскому языку иностранные организации за пределами Японии.

Школа «Наганума» обладает статусом «Junbi Kyoiku Katei», утверждённым Министерством образования и науки Японии. Благодаря этому иностранные студенты из тех стран, где полное среднее образование менее 12 лет, могут подготовиться к поступлению в ВУЗ. Студенты из России после 11-го класса могут «заработать» недостающий год образования и беспрепятственно поступать в любые ВУЗы Японии.

В школе «Наганума» создана комфортная среда для обучения, помогающая студентам сконцентрироваться на учебе. Первый корпус состоит из 37 классов. Здесь расположены комнаты в японском стиле, класс для аудирования, кабинеты преподавателького состава и персонала. Во втором корпусе – 34 класса, языковая лаборатория, кабинет исследования языка, компьютерный класс, комната отдыха и кафе. Третий корпус состоит из 18 классов, библиотеки и комнат для занятий. Для крупных студентов оборудованы большие стулья и парты, а в классе разговорного японского языка нет типичных парт, самое важное здесь – слушать и отвечать, поэтому ограничились стулом и маленьким боковым столиком. В классе для аудирования можно записать свой голос, чтобы исправить произношение. В школе работают 100 преподавателей.

Основатель школы Наганума считает, что метод обучения должен быть основан на развитии коммуникативных аспектов. Это является одним из важных факторов для успешного изучения языка, намного важнее, чем грамматика и перевод. Унаследовав 60-летний опыт и традиции, школа Наганума продолжает предоставлять образование высокого уровня.